Beim Ein- und Auslaufen kroatischer Häfen sind Schiffsführer verpflichtet, die Geschwindigkeit zu drosseln, um Wellenschlag zu vermeiden. Gleiches gilt beim Passieren gekennzeichneter Tauchreviere sowie im Falle von Küsten- und Unterwasserarbeiten. Yachten haben mindestens 150 Meter Abstand zur Küste zu halten, Segelschiffe und Motorboote mindestens 50 Meter, bei Naturstränden 150 Meter. Ein geringerer Abstand zur Küste ist erlaubt, wenn Schiffe einen Hafen anlaufen oder vor Anker gehen wollen. Weniger als 50 Meter, aber nicht weiter als 500 Meter von der Küste entfernt, dürfen Ruderboote, Kanus, Kajaks, Paddel- und Tretboote sowie Surfer und Wellenreiter fahren. Auf Wasserfahrzeugen, die kürzer als 2,5 Meter sind, sind maximal zwei Personen erlaubt.
Gleitboote sowie Scooter, Luftkissenboote und Jet-Skis dürfen sich nur in ausgewiesenen Gewässern bewegen. Sie müssen einen Mindestabstand von 300 Meter zur Küste einhalten. In Häfen ist das Baden, Tauchen, Gleitbootfahren, Wasserskifahren und Surfen verboten. Zudem ist das Surfen untersagt in Hafeneinfahrten, engen Passagen sowie innerhalb eingerichteter Strände. Nicht erlaubt ist das Baden auf Schifffahrtswegen sowie in engen Passagen und in Gebieten, die mehr als 100 Meter von der Küste entfernt sind. Für Tauchgebiete besteht in Kroatien Kennzeichnungspflicht, vorgeschrieben sind eine Boje in der Mitte des Tauchplatzes oder eine hoch aufragende Fahne auf dem Tauchschiff.
In einigen Buchten Kroatiens ist das Ankern gebührenpflichtig. Sonderregeln gelten für Sperrgebiete und Nationalparks wie die Brijuni-Inseln oder die Kornaten.