Schiffe, die länger als 2,5 Meter oder mit einem Motor von mehr als 5 Kilowatt Leistung ausgerüstet sind, müssen im Hafenamt oder einer Zweigstelle angemeldet werden. Schiffsführer haben die folgenden Dokumente vorzulegen: Schiffsdokumente (Kaufvertrag, Rechnung etc.), Versicherungs-Police (bei mehr als 15 Kilowatt Leistung), Nachweis über Zollgebühren und Steuern, Nachweis über Seetüchtigkeit des Schiffes. Falls der Bootsnutzer nicht der Bootseigner ist, muss er eine notariell beglaubigte Vollmacht vorlegen.
Der Schiffsführer muss im Hafenamt oder dessen Zweigstelle ein Personenverzeichnis beantragen. Änderungen in der Crew-Liste (z.B. wenn Crew-Mitglieder nachträglich eingeschifft werden) sind von Hafenamt oder Zweigstelle zu beglaubigen. Der Schiffsführer ist verpflichtet, die Bootspapiere und die aktuelle Crew-Liste während des gesamten Törns an Bord mitzuführen. Bei Charter-Törns erledigt üblicherweis der Vercharterer diese Formalitäten.
Für das Befahren kroatischer Gewässer benötigen Skipper aus dem deutschsprachigen Raum eines der folgenden Dokumente: Anerkannt werden der Sportbootführerschein See, der Sportküsten-Schifferschein, der Sportsee-Schifferschein, der Sporthochsee-Schifferschein (alle Deutschland), die Yachtmaster-Lizenz der Fahrtbereiche 2, 3 und 4 (ausgestellt vom Österreichischen Segelverband sowie dem Motorboot-Sportverband für Österreich) sowie der B-Schein oder Hochseeschein (ausgestellt vom Cruising Club Schweiz). Falls ein UKW-Sprechfunkgerät an Bord ist, muss der Schiffsführer zudem ein Sprechfunkzeugnis vorlegen.
Urlauber, die noch kein in Kroatien anerkanntes Patent besitzen, können in den Hafenämtern die Prüfung zum kroatischen Bootsführerschein ablegen sowie den kroatischen UKW-Funkschein erwerben. Beide Patente werden außerhalb Kroatiens jedoch nicht anerkannt.